perl -ne 'chomp;next if($_=~/^$/);my @a=split /\t/;print "/data02/zhangmengmeng/software/vcf2maf-main/vcf2maf.pl --input-vcf $a[0].somatic.FAA.vcf --output-maf $a[0].maf --normal-id $a[1] --tumor-id $a[0] --vcf-tumor-id $a[0] --vcf-normal-id $a[1] --vep-path ~/anaconda3/envs/vep/bin --vep-data /data02/zhangmengmeng/database/vep --ref-fasta /data02/zhangmengmeng/database/hg38/gencode_GRCh38.p14.genome.fa --verbose --ncbi-build GRCh38 --cache-version 113 && cat $a[0].maf|grep -E \"version|FILTER|PASS\" > $a[0]_filtered.maf && echo $a[0] vcf2maf ok\n"' sample_pair.txt >vcf2maf.sh