Trim Galore 去除接头+质控流程

软件使用简要说明

• --quality：设定Phred quality score阈值，默认为20。
• --phred33：选择-phred33或者-phred64，表示测序平台使用的Phred quality score。
• --adapter：输入adapter序列。也可以不输入，Trim Galore!会自动寻找可能性最高的平台对应的adapter。自动搜选的平台三个，也直接输入这三种平台，即--illumina、--nextera和--small_rna。
• --stringency：设定可以忍受的前后adapter重叠的碱基数，默认为1（非常苛刻）。可以适度放宽，因为后一个adapter几乎不可能被测序仪读到。
• --length：设定输出reads长度阈值，小于设定值会被抛弃。
• --paired：对于双端测序结果，一对reads中，如果有一个被剔除，那么另一个会被同样抛弃，而不管是否达到标准。
• --retain_unpaired：对于双端测序结果，一对reads中，如果一个read达到标准，但是对应的另一个要被抛弃，达到标准的read会被单独保存为一个文件。
• --gzip和--dont_gzip：清洗后的数据zip打包或者不打包。
• --output_dir：输入目录。需要提前建立目录，否则运行会报错。
• --trim-n : 移除read一端的reads

perl脚本对每个样本生成shell

ls ../rawdata/*_R1.fastq.gz|perl -ne 'chomp;my $name=$1 if($_=~/\/([^\/]+)\_R1/);print "trim_galore -q 20 --phred33 --fastqc --illumina --basename $name -j 2 --paired  $name\_R1.fastq.gz $name\_R2.fastq.gz \n"' >trim_galore.sh