1. Call Somatic Mutations 首先通过Mutect2、Varscan2、Strelka2…
使用 bam-readcount 统计 bam 文件在染色体指定位置的碱基数目
仅能统计SNP，无法统计INDEL，此软件会把INDEL打碎成单个碱基进行统计 1. 首先对bqsr处理好的b…
使用FiNGS对突变进行过滤
原文：https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles…
使用scAllele计算cell-level SNV
1. 下载并安装scAllele 官网：https://github.com/gxiaolab/scAllel…
pySCENIC的安装及运行
1.安装pyscenic # 参考：https://cloud.tencent.com/developer/a…
Velocyto到scVelo到CellRank2分析流程
安装软件 velocyto: https://velocyto.org/velocyto.py/tutoria…
使用vcftools拆分多样本vcf文件
vcftools下载地址： https://vcftools.github.io/ 安装： autogen.s…
密码保护：Germline mutation: GATK HaplotypeCaller
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ASCAT(Allele-Specific Copy Number Analysis of Tumors) + breakclone
教程：https://github.com/VanLoo-lab/ascat/tree/master/Exam…
scarHRD
1. 进入虚拟环境并安装sequenza scarHRD需要sequenza的结果文件运行 conda act…