Numbat官网： https://kharchenkolab.github.io/numbat/articl…
使用CopyKAT进行单细胞恶性细胞鉴定
github官网：https://github.com/navinlabcode/copykat copyka…
Hotspot-单细胞聚类算法
官网链接：https://github.com/YosefLab/Hotspot # 可本地运行的Hotspo…
CONIPHER根据突变区分肿瘤亚克隆+ALPACA鉴定亚克隆的CNV改变
0. 官网： CONIPHER: https://github.com/McGranahanLab/CONIP…
Pyclone-vi 输入文件处理
1. Call Somatic Mutations 首先通过Mutect2、Varscan2、Strelka2…
使用 bam-readcount 统计 bam 文件在染色体指定位置的碱基数目
仅能统计SNP，无法统计INDEL，此软件会把INDEL打碎成单个碱基进行统计 1. 首先对bqsr处理好的b…
使用FiNGS对突变进行过滤
原文：https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles…
使用scAllele计算cell-level SNV
1. 下载并安装scAllele 官网：https://github.com/gxiaolab/scAllel…
pySCENIC的安装及运行
1.安装pyscenic # 参考：https://cloud.tencent.com/developer/a…
Velocyto到scVelo到CellRank2分析流程
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